Den Selvejende Institution Sophie Amalie Gården har status som en erhvervsdrivende fond og ledes af en bestyrelse på syv medlemmer, hvoraf tre medlemmer udpeges af. Frederiksberg Kommunalbestyrelse, to medlemmer udpeges af ”Foreningen til Fremskaffelse af Boliger for Ældre og Enlige” og to medlemmer vælges af husets beboere.
